«Non posso non rivolgere, infine, una parola anche agli scienziati, che con le loro ricerche ci forniscono una crescente conoscenza dell'universo nel suo insieme e della varietà incredibilmente ricca delle sue componenti, animate ed inanimate, con le loro complesse strutture atomiche e molecolari. Il cammino da essi compiuto ha raggiunto, specialmente in questo secolo, traguardi che continuano a stupirci. Nell'esprimere la mia ammirazione ed il mio incoraggiamento a questi valorosi pionieri della ricerca scientifica, ai quali l'umanità tanto deve del suo presente sviluppo, sento il dovere di esortarli a proseguire nei loro sforzi restando sempre in quell'orizzonte sapienziale, in cui alle acquisizioni scientifiche e tecnologiche s'affiancano i valori filosofici ed etici, che sono manifestazione caratteristica ed imprescindibile della persona umana. Lo scienziato è ben consapevole che " la ricerca della verità, anche quando riguarda una realtà limitata del mondo o dell'uomo, non termina mai; rinvia sempre verso qualcosa che è al di sopra dell'immediato oggetto degli studi, verso gli interrogativi che aprono l'accesso al Mistero», Fides et ratio, 106.
Il campo della scienza si estende dalle cose più semplici a quelle più complesse. I vari livelli di complessità, però, necessitano di categorie interpretative diverse: con le leggi che interpretano il comportamento delle molecole non si possono spiegare tutte le proprietà dell’uomo, che pure è fatto di molecole. In particolare, è impossibile, almeno per ora, dare una base scientifica alle manifestazioni più elevate che caratterizzano l'uomo, quali la mente, i sentimenti, la coscienza. Con l'aumentare della complessità del sistema in oggetto, si passa dalla scienza alla filosofia, due branche del sapere fra le quali non c'è una netta linea di demarcazione, ma una zona di sovrapposizione estesa e non ben definita, che aspetta di essere esplorata con la collaborazione degli studiosi che si trovano dalle due parti. Già Bacone chiamava gli scienziati nuovi filosofi e Einstein ha più volte detto che la scienza ha bisogno della filosofia non meno di quanto la filosofia ha bisogno della scienza.
Un bell'esempio della sovrapposizione fra scienza e filosofia si può trarre dal libro di Stephen Hawking "La Teoria del Tutto - Origine e Destino dell'Universo", Rizzoli, 2003. Hawking considera la possibilità che, attraverso l'unificazione delle teorie della fisica, si giunga a capire l'origine e il destino dell'universo. Afferma che se saremo abbastanza intelligenti per scoprire questa teoria unificata, saremo in grado di discutere sul perché l'universo esiste e aggiunge che se trovassimo la risposta a quest'ultima domanda decreteremmo il definitivo trionfo della ragione umana, poiché allora "conosceremmo il pensiero stesso di Dio". Hawking è consapevole di spingersi nel campo della filosofia e a questo proposito scrive: "Fino ad oggi gli scienziati sono stati troppo occupati ad elaborare nuove teorie che descrivono che cos'è l'universo per porsi la domanda del perché. D'altro canto le persone il cui lavoro è proprio quello di chiedersi il perché delle cose, ossia i filosofi, non sono riuscite a tenere il passo con il progresso scientifico… e hanno ridotto a tal punto l'ambito delle loro ricerche che Ludwig Wittgenstein, il filosofo più illustre del XX secolo, è venuto ad affermare che l'unico compito che resta alla filosofia è l'analisi del linguaggio. Che declino rispetto a quella grande tradizione filosofica che da Aristotele va fino a Kant!"
Può darsi che la filosofia sia realmente in declino, ma non dimentichiamo che Wittgenstein è famoso anche per aver detto: "Su ciò di cui non possiamo parlare, è meglio tacere"; mi sembra una posizione molto saggia, che spesso gli scienziati abbandonano per cimentarsi in ragionamenti più grandi di loro. Anche se si giungerà a scoprire la teoria del tutto, che sarà una formula matematica più o meno complessa, non vedo come si potrà capire perché l’universo esiste e tanto meno “conoscere il pensiero stesso di Dio”. Infatti, anche dopo un tale successo della scienza rimarranno da spiegare molte cose; ad esempio, perché i fenomeni fisici che accadono nell'universo sono interpretati proprio da quella formula e non da altre, qual’è il senso di questa scoperta, qual'è la sua relazione con l'origine e la presenza della vita sulla terra, perché l'evoluzione ha portato all'uomo, perché la nostra mente può comprendere l'origine e il destino dell'Universo. Rimarranno, insomma, molti "perché" e, alla fine, si dovrà scegliere fra “mi basta” o “non mi basta: nel primo caso si resta nel campo della scienza, mentre nel secondo si aspira a qualcosa che va oltre il sapere scientifico. Nelle parole di Newton "A me sembra di essere come un bambino che gioca sulla riva del mare, divertendosi a raccogliere ora una pietra più levigata, ora una conchiglia più brillante delle solite, mentre l'oceano sconfinato della verità si estende inesplorato dinnanzi a me", o in quelle di Martin Buber “Se tu hai acquistato conoscenza, allora soltanto sai quel che ti manca" ritroviamo il desiderio di continuare a cercare nel Mistero la Verità ultima, irraggiungibile.